ความจริงแล้ว การพัฒนาซอฟต์แวร์ให้ประสบความสำเร็จนั้นไม่ใช่เรื่องง่าย ประเทศไทยยังต้องปรับปรุงศักยภาพของซอฟต์แวร์อีกมากจึงจะสามารถแข่งขันในตลาดโลกได้ ปัญหาและอุปสรรคที่เห็นได้อย่างชัดเจนในปัจจุบัน ได้แก่ปัญหาด้านการตลาด ปัญหาด้านการทำวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยี และปัญหาด้านคุณภาพ
1. ปัญหาด้านการตลาด
บริษัทซอฟต์แวร์ไทยประสบปัญหาการละเมิดลิขสิทธิ์ซอฟต์แวร์ เช่นเดียวกับบริษัทซอฟต์แวร์ทั่วโลกคือ หลังจากลงทุนมหาศาลในการผลิตซอฟต์แวร์ แต่เมื่อนำออกจำหน่าย ก็ถูกลอกเลียนแบบด้วยการอัดสำเนา และจำหน่ายในราคาที่ถูกกว่าต้นแบบถึง ๑๐ เท่า ซึ่งเป็นสาเหตุที่ทำให้ต้นแบบจำหน่ายได้น้อย ผู้ผลิตจึงขาดทุน
2. ปัญหาด้านการวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยี
ซอฟต์แวร์ที่สามารถอำนวยความสะดวกให้แก่คนไทยได้อย่างแท้จริงนั้น จะต้องทำให้คอมพิวเตอร์ทำงานโดยใช้ภาษาไทยได้ เช่น อ่านออกเขียนและตรวจไวยากรณ์ได้ ฟังรู้เรื่อง พูดเป็นฯลฯ แต่การพัฒนาซอฟต์แวร์ให้สามารถทำเรื่องเหล่านี้ได้เป็นเรื่องที่ยาก จึงต้องอาศัยการทำวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีมาสนับสนุน
นักวิจัยหลายร้อยคนต้องค้นคว้าทดลองนานนับสิบปี จึงจะสามารถพัฒนาซอฟต์แวร์ที่ฟังพูด และเขียนภาษาอังกฤษได้สำเร็จ แต่นักวิทยาศาสตร์และนักวิจัยในเรื่องเหล่านี้ของไทยมีอยู่น้อยมาก ดังนั้น จึงมีความจำเป็นอย่างมากที่จะต้องเพิ่มทรัพยากรมนุษย์ในส่วนนี้
3. ปัญหาด้านคุณภาพ
ซอฟต์แวร์ที่ได้รับการพัฒนาโดยคนไทยจะมีความแตกต่างด้านคุณภาพ ส่วนใหญ่ประเทศไทยจะประสบปัญหาในเรื่องการประเมินคุณภาพของซอฟต์แวร์ กล่าวคือ เมื่อขาดการประเมินคุณภาพที่ดี คนไทยก็จะไปนิยมซอฟต์แวร์จากต่างประเทศ เพราะไม่เชื่อถือฝีมือคนไทยด้วยกัน ทั้งที่ซอฟต์แวร์ของไทยก็มีคุณภาพดี ในทางกลับกัน เมื่อมีซอฟต์แวร์ที่ด้อยคุณภาพ ผู้พัฒนาก็ไม่ทราบจุดบกพร่อง จึงไม่ได้ปรับปรุงคุณภาพให้ดีเท่าที่ควร
สาเหตุอื่นๆ ที่ทำให้ซอฟต์แวร์ของไทยขาดคุณภาพ ได้แก่ การขาดการบริหารโครงการที่ดีการขาดบุคลากรที่มีทักษะทันสมัยในด้านการพัฒนาและทดสอบซอฟต์แวร์ การขาดวิธีการกำหนดคุณลักษณะซอฟต์แวร์ที่เหมาะสม ฯลฯ
หากจะมีการเพิ่มคุณภาพของซอฟต์แวร์ไทย ก็จำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องปรับปรุงเรื่องของกระบวนการพัฒนาซอฟต์แวร์ (ซึ่งรวมถึงการกำหนดคุณลักษณะซอฟต์แวร์ และการประเมินคุณภาพของซอฟต์แวร์) และการพัฒนาบุคลากรด้านซอฟต์แวร์ไปพร้อมกันด้วย